FLOOR 8 Le Ministère de la Magie est organisé autour de l'Atrium, une vaste salle ronde à l'architecture et à la décoration fastueuse. Les murs sont recouverts de lambris en bois sombre et vernis. Le sol est composé de parquet sombre, toujours impeccablement vernis. Au centre se trouve un monument gigantesque. Le plafond magique est incrusté de symboles dorés qui remuent sans cesse. Les grandes portes en or, situées au fond de l'atrium, débouchent sur un second hall regroupant une vingtaine d’ascenseurs permettant de descendre à tout les départements.

FLOOR 2 Le Département de la Justice Magique est le plus grand département que compte le Ministère. Tout les autres départements sont dépendants d'une certaine manière de celui-ci, exceptés le département des Mystères. On y trouve le Bureau des Aurors, la Brigade de police magique, le Service des usages abusifs de la magie, le Service de détournement de l'artisanat moldu, le Bureau de détection et de confiscation des faux sortilèges de défense et objets de protection ainsi que les services administratifs du Magenmagot. Cordélia Grindelwald est la président du Département de la Justice Magique.

FLOOR 3 Le Département des accidents et catastrophes magiques dont le travail des sorciers et des sorcières qui y travaillent, appelés les oubliator, est de faire oublié les erreurs magiques qui ont été commises, lorsqu'un sort a été mal lancé ou qu'une potion a mal fonctionné. Ces accidents sont généralement causés par des sorciers et sorcières encore inexpérimentés. Le Département était lié à beaucoup d'affaire concernant les meurtres de Moldus lorsque les sorciers disaient avoir tué « par accident ».

FLOOR 4 Après le Département de la Justice Magique, le Département de contrôle et régulation des créatures magiques est le plus grand du Ministère. Il y a plusieurs services. Le service des animaux dans lequel on s'occupe dans problèmes concernant les créatures magiques qualifiées « d'animaux ». Le Service des Êtres s'occupe des problèmes liés aux êtres, le service des esprits s'occupent des esprits, ils ne peuvent pas être considéré comme des êtres puisqu'ils sont morts, il y a également le Service des Nuisibles qui intervient lorsque des maisons sont envahis par des bestioles étranges. On trouve également le Section de relation avec les centaures, et également celles avec les Gobelins, où les sorciers et les sorcières sont chargés de négocier avec eux afin de continuer à entretenir de bonnes « relations ».

FLOOR 5 Le Département de la coopération magique internationale, comme son nom l'indique, a pour but de travailler, négocier, avec les sorciers d'autres pays. On retrouve plusieurs organisations, comme l'Organisation internationale du commerce magique, le bureau international des lois magiques et la confédération internationale des sorciers dont les sièges sont choisis par le Ministre de la Magie.

FLOOR 2 Le Département des transports magiques comporte plusieurs organisation comme l'organisation des réseaux de cheminées, qui se charge de vérifier toutes les cheminées et d'interdire l'accès à certaines. Il y a également le Bureau de Régulation des Balais visant à limiter l'usage abusif du balais, responsable de dommages et quelques fois dangereux. Le Bureau des Portoloins régularise et autorise les objets qui vont servir de Portoloin et dans quels buts ils sont utilisés. Le Bureau des Transplanations permet aux sorciers de plus de 17 ans de se voir remettre remettre une licence leur permettant de transplaner.

FLOOR 2 Le Département des jeux et sports magiques a été crée en 1750, suite à une loi servant à cacher les jeux magiques aux yeux des moldus. On y trouve plusieurs sous-divisions, comme le Siège de la Ligue britannique et irlandaise de Quidditch, chargée d'organiser la Coupe des Ligues, ainsi que le Club Officiel des Bavboules, un jeu de bille, et le bureau des brevets saugrenus. Les murs du département sont couverts de poster de Quidditch ce qui crée une ambiance singulière.

FLOOR 9 L'entrée du Département des Mystères est marqué par une porte noire et lisse qui s'ouvre sur une pièce circulaire contenant douze portes. Dès qu'une porte se referme, les murs tournent sur eux-mêmes pendant un certains temps ce qui est censé déstabiliser les visiteurs non autorisés. Les douze portes mènent à douze salles. La première est nommée Salle de l'Amour , elle est toujours verrouillée et protégée contre les sortilèges qui permettent de l'ouvrir. Cette pièce contient un pouvoir plus puissant que la mort, l'intelligence humaine, et tout autre force de la nature, c'est tout ce qu'on sait. Vient ensuite la Salle de l'Espace, c'est une salle sombre contenant des planètes qui flottent dans les airs, les visiteurs peuvent également flotter. La Salle du Futur est une salle au plafond haut, et les étagères touchent presque le plafond. Elles sont pleines de prophéties et éclairées par des bougies dont la flamme est bleue ce qui donne à la pièce un côté sinistre. Pour entrer dans cette dernière salle, il faut d'abord pénétrer dans la Salle du Temps, emplie de retourneurs de temps et d'horloges. Derrière une cloche contenant un oiseau se trouve la porte vers la Salle du Futur. La Salle de la Mort est une immense salle circulaire, semblable à celle du Magenmagot, avec des gradins de pierres et une fosse. Au centre se trouve un socle surmonté d'une très vieille arcade, caché par un vieux rideau noir en lambeaux. C'est le voile qui sépare le monde des vivants et celui des morts. Certaines personnes croient entendre des voix venus de derrière le voile. La Salle du Savoir est une longue salle rectangulaire, éclairée faiblement par des lampes suspendues, elle est complètement vide à l'exception d'un énorme réservoir contenant des cerveaux trempant dans une solution verte qui sont très agressifs si on essaie d'y toucher.